Chương trình học chia thành ba ban:

1. tham sự hai năm,
2. đốc sự/giám sự ba năm rưỡi, và
3. cao học.

Tham sự

Tham sự là chương trình hai năm ngay tại Học viện. Có tất cả năm khóa Tham sự (mỗi khóa 100 sinh viên) và một khóa Tham Sự Đặc biệt dành cho các sắc tộc thiểu số như người Thượng, người Việt gốc Miên và người Chàm.

Đốc sự, giám sự

Đốc sự hay giám sự là hai chức danh phân biệt ban hành chánh (đốc sự) và ban kinh tế (giám sự). Kể từ năm 1963 thì gộp lại chỉ còn Ban Đốc sự. Kể từ ngày thành lập Học viện Quốc gia Hành chánh đến 1975, có tất cả 22 khóa Đốc sự (mỗi khóa có 100 sinh viên được thi tuyển vào), học trình là ba năm sáu tháng. Năm đầu tiên học lý thuyết tại Học viện; năm thứ hai được đi thực tập tại các địa phương (các tỉnh và Đô thành Sài Gòn); năm thứ ba thì về lại Học viện học lý thuyết (hành chánh, tài chánh, xã hội, ngoại giao, toán, kinh tế). Sau năm thứ ba, sinh viên có 6 tháng đi thực tập tại các bộ tại Trung ương và chọn một đề tài luận văn tốt nghiệp. Sau kỳ thi ra trường, sinh viên trở thành công chức hạng A với ngạch trật phó đốc sự hạng 3 và được cử đi làm việc theo nhu cầu bao gồm Bộ Nội vụ (cho các tỉnh và quận) tùy nhu cầu. Sinh viên mới ra trường được đề cử làm:

1. Phó Quận trưởng (tại các quận)
2. Trưởng ty (tại Tòa Hành chánh Tỉnh) hay
3. Phó Tỉnh Trưởng (Tòa Hành chánh Tỉnh).

Tại các Bộ chuyên môn ở Trung ương thì đốc sự có thể kiêm nhiệm Chủ sự các Phòng, Chánh sự vụ các Sở, hay Giám đốc các Nha.

Cao học

Sinh viên Cao học là hai năm đào tạo thêm dành cho sinh viên đã tốt nghiệp đốc sự hoặc có bằng cử nhân các ngành về khoa học xã hội. Cho đến năm 1975 có tất cả tám khóa Cao học (cả Ngoại giao).

Các môn học gồm những kiến thức như soạn thảo công văn, kế toán thương mại, định chế chính trị, luật hành chánh, Quốc tế Công pháp, Luật Hiến pháp, Xã hội học và cả huấn luyện quân sự tại các Trung tâm huấn luyện Đồng Đế Nha Trang, Quang Trung, và Thủ Đức.